Сюжет нашей игры разворачивается во время подготовки нападения Пейна на Коноху.
Немного раньше, небезызвестный Учиха Саске осуществил цель всей своей жизни- убийство Учихи Итачи... Но так ли это? Не смотря на кровавую битву, Учиха-старший выжил, хоть и потерял не мало сил. Саске же связался с Тоби (Учихой Мадорой), который уверял его, что Итачи мертв, и теперь угрозу Саске предоставляет некий потомок клана Учиха, вернувшийся  в родную деревню его клана после долгих странствий. По словам Мадары, этот Учиха слишком много о себе возомнил, решив убить Саске, чтобы завладеть его техниками. Итачи совершил, наверное, единственную грубую ошибку в своей жизни, оставив в живых несколько отдаленных потомков Учих, живущих в других деревнях.Теперь у Саске появилась новая цель- убийство еще одного потомка Учих.
Сам же неизвестный шаринганистый появился в Деревне Скрытого Листа совсем не давно, услышав, что Конохе грозит опасность. Кроме Хокаге, ему почти никто не доверяет.
В то же время, около Суны, разносится весть- девушка по фамилии Учиха приближается к Деревне Листа. Еще один родственник Саске и Итачи? Помешает она или поможет Саске?
Наруто же, не знавший о том, что Саске приближается к деревне, вновь отправился на его поиски. Вместе с комнадой Какаши с ними отправилась еще одна команда Конохи. Но и Акацуки времени даром не теряют- они точно знают направление Узумаки, и готовы тут же вступить в бой.
Коноха готовится к защите жителей деревне, Суна спешит ей на помощь. Акацуки, в составе которой находится команда Саске, приближаются.